Diese Zeit war geprägt durch die Zugehörigkeit der heutigen Stadt Wadern zu unterschiedlichen Herrschaftsbereichen: So teilten sich bis zur Französischen Revolution neben den beiden großen Machtblöcken des Erzstifts Trier und des Herzogtums Lothringen auch kleinere Herrschaften wie die reichsfreie Herrschaft Dagstuhl sowie das Geschlecht von Hagen bzw. später Zandt von Merl das heutige Stadtgebiet. Die politische Grenzlage beeinflusste nicht nur das Alltagsleben der Menschen, sondern führte auch zur Verflechtung mit überregionalen politischen Entwicklungen und Konflikten.
Einen Schwerpunkt bildet dabei die Präsentation der gut erforschten Burg Dagstuhl, deren wechselvolle Geschichte sich mittels einer Filmstation verfolgen lässt. Archäologische Funde bezeugen den seit dem 16. Jahrhundert zunehmenden Wohnkomfort durch den Einbau von Glasfenstern und Öfen sowie eine gehobene Alltagskultur der Burgbewohner.
Eine besondere Rolle für die frühneuzeitliche Entwicklung spielte der Trierer Erzbischof und Kurfürst Philipp Christoph von Sötern (1567-1652). Er vereinigte die seit dem 14. Jahrhundert in vier Erbteile zersplitterten Herrschaftsbereiche Dagstuhls und ließ an der Burg größere Umbaumaßnahmen durchführen.
Durch die 1680 geschlossene Ehe seiner Nachfahrin Maria Sidonia von Sötern mit Graf Notger Wilhelm von Baldern, Katzenstein und Aufhausen kam die Herrschaft Dagstuhl in den Besitz der Grafen von Oettingen im Nördlinger Ries, was große Auswirkungen auf die weitere Entwicklung der Stadt haben sollte.